La più antica testimonianza sull’organo della Cattedrale di Como risale al 1441. L’antico strumento fu oggetto di vari adattamenti e riparazioni nel secolo XVI, finché intervennero gli Antegnati, maestri dell’organaria rinascimentale e barocca. Costanzo Antegnati attribuisce all’ avo Bartolomeo la costruzione dell’ organo “ch’al presente si suona” (1608).

Dal 1625 al 1642 fu realizzata la cassa della navata di sinistra, nella struttura che ancor oggi vediamo. In essa Giovan Battista Olgiati sistemò, nel 1647, canne, mantici e somieri dello strumento già presente in Cattedrale.

Nel 1649 erano complete anche le strutture della cassa di destra, ove venne installato un nuovo organo, creazione del gesuita Guglielmo Hermans, formato da due corpi sonori sovrapposti: l’Organo Grande con 14 registri e l’ Organo Piccolo con 8 registri. L’inaugurazione di questo lavoro avvenne il 25 marzo del 1650, festa dell’ Annunciazione.

Il Duomo di Como possedeva così due strumenti collocati in due differenti casse: quello “Maggiore” o meridionale e quello “Minore” o settentrionale. Restauri e revisioni seguirono nella storia dei secoli successivi: nel 1808 l’ organo Hermans venne ristrutturato da Giuseppe Antonio e Carlino Serassi; nel 1862 Antonio De Simoni operò una generale pulitura e alcune aggiunte all’organo Hermans. A quell’epoca l’organo del Duomo si presentava con tre tastiere, 56 registri ed una pedaliera con meno di 20 tasti.

Nel 1887 Marco Enrico Bossi, organista e maestro di Cappella, promosse un radicale rifacimento di tutti i corpi sonori del Duomo: nella cassa di destra fu collocato l’ organo “Maggiore”, costruito da tre corpi per complessivi 55 registri ed oltre 3000 canne; nella cassa di sinistra venne disposto l’ organo “Minore” con 24 registri e 1067 canne. L’ inaugurazione del nuovo complesso avvenne il 26 maggio 1888.

L’attuale complesso organario fu realizzato dalla casa “Balbiani Vegezzi Bossi” di Milano nel 1932, costituito da 58 registri sonori per 5460 canne. Il “Grand’Organo” è collocato nell’antica cassa di sinistra; gli organi “Positivo” e “Recitativo” (espressivi), sono nella cassa di destra. L’ organo “Eco” è situato nella sala “Carpano” sopra la sacrestia di sinistra.

Nel 1934 veniva aggiunto un organo “Corale” (9 registri e 933 canne) sistemato al centro degli stalli del coro nell’ abside maggiore e da qui trasferito, nel 1981, dietro all’ altare del Crocifisso, nell’ abside di sinistra.

Il restauro che si conclude con l’ inaugurazione del 12 maggio 1998 è stato realizzato dalla casa organaria “Mascioni”, casa varesina di antica e gloriosa tradizione aritstica, che aveva già operato nella cattedrale di Como nel 1928.

Gli ultimi interventi hanno ampliato il complesso con ulteriori 122 canne che corrispondono a due registri ad ancia: il “Cromorno” di 8’ nell’ organo “Corale” e la “Chiarina” di 4’ nel “Grand’Organo”.
Pertanto oggi gli strumenti del Duomo contano 69 registri sonori e 6515 canne.

Nel 2015 parallelamente ai lavori di pulitura del transetto di sinistra, l’ organo “Corale” è stato revisionato. Grazie alla donazione di un’anonima benefattrice la “consolle” originale a tre tastiere (1932) è stata restaurata, rimessa in funzione e collocata nell’abside di sinistra mentre la “consolle” moderna a quattro tastiere (1986) è oggi posta in navata, in prossimità del pilastro che sostiene la balconata lignea del “Grand’ Organo”.